1952年福建省廈門市氣象臺在鼓浪嶼創建,1989年1月成立福建省廈門市氣象局,隸屬福建省氣象局管理。1990年10月3日廈門市氣象局實行計劃單列,計劃財務方面工作隸屬國家氣象局管理;2000年11月11日起,廈門市氣象局隸屬中國氣象局(國家氣象局)管理,實行中國氣象局與廈門市政府雙重領導、以中國氣象局領導為主的管理體制。賦予省級氣象管理機構的有關職責。機構規格為副廳級。2008年3月中國氣象局黨組對廈門市局干部管理有關問題又做出進一步明確,正處級干部管理權歸省局管理。市氣象局機關設5個內設機構:辦公室、業務科技處、計劃財務處、人事處、政策法規處;設有4個直屬單位:廈門市氣象臺(廈門市海洋氣象臺)、廈門市氣象服務中心、廈門市防雷中心(廈門市避雷監測技術中心)、廈門市氣象局機關服務中心;2008年4月市政府批復成立廈門市氣候變化監測評估中心,掛靠廈門市氣象服務中心。此外,廈門市氣象臺設有2個二級機構:氣象探測技術與保障中心、氣象信息網絡中心;機關服務中心設有1個二級機構:財務與核算中心;氣象服務中心設有1個二級機構:氣象宣傳與科普中心。2014年經中國氣象局同意始建海峽氣象開放實驗室。全市設有4個區氣象局:同安區氣象局、翔安區氣象局、海滄區氣象局、集美區氣象局;全市氣象部門現有編制105人,其中機關公務員編制34人,事業編制67人,地方編制4人;至2015年1月,有職工167人,在編人員99人,其中博士5人,碩士33人,學士28人;高級職稱26人,中級職稱41人,初級職稱17人。
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